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微生物基因組測(cè)序

微生物基因組測(cè)序利用高通量測(cè)序技術(shù)，全面解析微生物的基因組序列。它能夠識(shí)別基因結(jié)構(gòu)、功能和變異，揭示微生物的代謝途徑、抗藥性及進(jìn)化關(guān)系。此技術(shù)廣泛應(yīng)用于疾病診斷、環(huán)境監(jiān)測(cè)、工業(yè)微生物改造和生物制藥等領(lǐng)域，為微生物研究提供關(guān)鍵數(shù)據(jù)支持。

泓迅生物可提供16S/18S/ITS擴(kuò)增子測(cè)序、宏基因組測(cè)序、細(xì)菌基因組&真菌基因組de novo測(cè)序、微生物重測(cè)序等服務(wù)。

服務(wù)優(yōu)勢(shì)

個(gè)性化解決方案
一對(duì)一完善的售前售后服務(wù)
嚴(yán)格質(zhì)控，快速交付

服務(wù)詳情

? 16S/18S/ITS擴(kuò)增子測(cè)序查看詳細(xì)

微生物多樣性分析是指利用二代高通量測(cè)序技術(shù)對(duì)16S rDNA、18S rDNA、ITS以及目標(biāo)區(qū)域擴(kuò)增子測(cè)序，分析環(huán)境中細(xì)菌、古細(xì)菌以及真菌的種類組成和含量，揭示環(huán)境樣品中微生物種類以及它們之間的差異、相對(duì)豐度、種群結(jié)構(gòu)和進(jìn)化關(guān)系；對(duì)于研究微生物與人類醫(yī)療健康、食品安全、環(huán)境檢測(cè)與治理、微生物資源的利用等有著重要的指導(dǎo)作用。

分析內(nèi)容
1. 數(shù)據(jù)質(zhì)控與統(tǒng)計(jì) 2. OTU 分類分析 2.1 OTU 聚類分析 2.2 分類學(xué)分析 3. 群落組成分析 (Community) 3.1 物種組成餅圖 3.2 多級(jí)物種組成圖 3.3 多樣本物種組成柱狀圖 3.4 多樣本物種組成聚類熱圖 3.5 屬水平物種進(jìn)化樹(shù) 4. Alpha 多樣性分析（AlphaDiversity） 4.1 多樣性指數(shù)統(tǒng)計(jì) 4.2 多樣性指數(shù)差異分析 4.3 稀釋性曲線（Rarefaction curve） 4.4 等級(jí)聚類曲線（Rank-Aundance）曲線	5. Beta 多樣性分析（BetaDiversity） 5.1 基于OTU 的Venn 圖 5.2 PCA 分析 5.3 PCoA 分析 5.4 UPGMA聚類樹(shù)圖 5.5 NMDS 分析 5.6 組間群落結(jié)構(gòu)差異顯著性檢驗(yàn) 5.6.1 ADONIS 分析 5.6.2 Anosim分析 5.6.3 MRPP分析 5.6.4 Amova分析 6. 差異分析 6.1 Metastats 分析 6.2 Lefse 分析 7. 功能分析 8. 關(guān)聯(lián)分析

分析內(nèi)容

1. 數(shù)據(jù)質(zhì)控與統(tǒng)計(jì)
2. OTU 分類分析
    2.1 OTU 聚類分析
    2.2 分類學(xué)分析
3. 群落組成分析 (Community)
    3.1 物種組成餅圖
    3.2 多級(jí)物種組成圖
    3.3 多樣本物種組成柱狀圖
    3.4 多樣本物種組成聚類熱圖
    3.5 屬水平物種進(jìn)化樹(shù)
4. Alpha 多樣性分析（AlphaDiversity）
    4.1 多樣性指數(shù)統(tǒng)計(jì)
    4.2 多樣性指數(shù)差異分析
    4.3 稀釋性曲線（Rarefaction curve）
    4.4 等級(jí)聚類曲線（Rank-Aundance）曲線

5. Beta 多樣性分析（BetaDiversity）
    5.1 基于OTU 的Venn 圖
    5.2 PCA 分析
    5.3 PCoA 分析
    5.4 UPGMA聚類樹(shù)圖
    5.5 NMDS 分析
    5.6 組間群落結(jié)構(gòu)差異顯著性檢驗(yàn)
        5.6.1 ADONIS 分析
        5.6.2 Anosim分析
        5.6.3 MRPP分析
        5.6.4 Amova分析
6. 差異分析
    6.1 Metastats 分析
    6.2 Lefse 分析
7. 功能分析
8. 關(guān)聯(lián)分析

? 宏基因組測(cè)序 查看詳細(xì)

宏基因組學(xué)是分析特定環(huán)境中微生物基因組的學(xué)科，通過(guò)隨機(jī)打斷微生物組總DNA、構(gòu)建插入片段文庫(kù)并進(jìn)行雙端高通量測(cè)序來(lái)研究微生物的功能活性、多樣性、種群結(jié)構(gòu)、進(jìn)化關(guān)系及其與環(huán)境的關(guān)系。宏基因組測(cè)序具有高通量、快速和全面的特點(diǎn)，在鑒定低豐度群落和挖掘基因資源方面展現(xiàn)出顯著優(yōu)勢(shì)。

分析內(nèi)容
1. 數(shù)據(jù)預(yù)處理 2. 基因組組裝 3. 基因預(yù)測(cè)及豐度分析 3.1 基因預(yù)測(cè)及豐度統(tǒng)計(jì) 3.2 基因表達(dá)量統(tǒng)計(jì) 3.3 預(yù)測(cè)結(jié)果基本信息統(tǒng)計(jì) 3.4 Core-pan基因分析 4. 樣品間相關(guān)性分析 5. 基因數(shù)目差異分析 6. 物種注釋（NR_mate數(shù)據(jù)庫(kù)） 6.1 物種注釋匯總表	6.2 Krona分析 6.3 物種豐度統(tǒng)計(jì) 6.4 樣品柱狀圖分析 6.5 樣品熱圖分析 6.6 物種主成分分析 6.7 樣品聚類分析 6.8 主坐標(biāo)分析（PCoA） 6.9 組間差異物種的Metastats分析 6.10 組間差異物種的lefse分析 7. 功能注釋（GO、KEGG、COG、CAZy、CARD、PHI數(shù)據(jù)庫(kù)）

分析內(nèi)容

1. 數(shù)據(jù)預(yù)處理
2. 基因組組裝
3. 基因預(yù)測(cè)及豐度分析
    3.1 基因預(yù)測(cè)及豐度統(tǒng)計(jì)
    3.2 基因表達(dá)量統(tǒng)計(jì)
    3.3 預(yù)測(cè)結(jié)果基本信息統(tǒng)計(jì)
    3.4 Core-pan基因分析
4. 樣品間相關(guān)性分析
5. 基因數(shù)目差異分析
6. 物種注釋（NR_mate數(shù)據(jù)庫(kù)）
    6.1 物種注釋匯總表

    6.2 Krona分析
    6.3 物種豐度統(tǒng)計(jì)
    6.4 樣品柱狀圖分析
    6.5 樣品熱圖分析
    6.6 物種主成分分析
    6.7 樣品聚類分析
    6.8 主坐標(biāo)分析（PCoA）
    6.9 組間差異物種的Metastats分析
    6.10 組間差異物種的lefse分析
7. 功能注釋（GO、KEGG、COG、CAZy、CARD、PHI數(shù)據(jù)庫(kù)）

備注：當(dāng)分組內(nèi)的生物學(xué)重復(fù)數(shù)目小于3時(shí)，諸如Metastat，LEFSe等統(tǒng)計(jì)分析皆沒(méi)有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義，將不進(jìn)行此類分析。

? 細(xì)菌基因組de novo測(cè)序 查看詳細(xì)

細(xì)菌基因組從頭測(cè)序（Bacterial Whole Genome de novo Sequencing ）是對(duì)基因組序列未知或無(wú)近緣物種基因組信息的某個(gè)物種，構(gòu)建不同插入片段的基因組DNA文庫(kù)并對(duì)文庫(kù)進(jìn)行序列測(cè)定，然后利用生物信息學(xué)方法進(jìn)行拼接、組裝和注釋，從而獲得該細(xì)菌的全基因組序列圖譜，我們提供細(xì)菌框架圖和完成圖兩種不同的解決方案。

分析內(nèi)容
細(xì)菌框架圖
1. 數(shù)據(jù)質(zhì)控與統(tǒng)計(jì) 2. 基因組組裝 3. 基因組組分分析 3.1 編碼基因預(yù)測(cè) 3.2 重復(fù)序列 3.3 tRNA/rRNA查找 4. 基因功能分析 4.1 GO數(shù)據(jù)庫(kù)注釋 4.2 KEGG數(shù)據(jù)庫(kù)注釋 4.3 TCDB數(shù)據(jù)庫(kù)注釋 4.4 Swiss-Prot數(shù)據(jù)庫(kù)注釋 4.5 TrEMBL數(shù)據(jù)庫(kù)注釋 4.6 病原與宿主互作數(shù)據(jù)庫(kù)（PHI）注釋	4.7 細(xì)菌病原體的毒力因子（VFDB）注釋 4.8 耐藥基因（CARD）注釋 4.9 碳水化合物活性酶（CAZy）數(shù)據(jù)庫(kù)注釋 4.10 分泌蛋白預(yù)測(cè) 4.11 分泌系統(tǒng)蛋白及T3SS效應(yīng)蛋白預(yù)測(cè) 5. 基因組比較分析 5.1 SNP統(tǒng)計(jì)與注釋 5.2 Indel統(tǒng)計(jì)與注釋 5.3 全基因組共線性分析 5.4 共有和特有基因分析 5.5 基因家族分析 5.6 物種進(jìn)化分析
細(xì)菌完成圖
1. 數(shù)據(jù)質(zhì)控與統(tǒng)計(jì) 2. 組裝 3. 基因組結(jié)構(gòu)注釋 3.1 基本基因元件預(yù)測(cè)（tRNA，rRNA） 3.2 其余RNA預(yù)測(cè) 3.3 串聯(lián)重復(fù)序列（TRF）預(yù)測(cè) 3.4 簡(jiǎn)單串聯(lián)重復(fù)序列（SSR）預(yù)測(cè) 3.5 CRISPR預(yù)測(cè) 3.6 基因島預(yù)測(cè) 3.7 前噬菌體預(yù)測(cè) 4. 基本功能數(shù)據(jù)庫(kù)注釋（NR、COG/KOG、GO、SwissProt、KEGG） 5. 特定功能注釋（CARD，CAZy，PHI，VFDB，TCDB，RMS，分泌蛋白注釋，III型分泌系統(tǒng)效應(yīng)蛋白注釋和跨膜結(jié)構(gòu)注釋）	5.1 耐藥基因（CARD）數(shù)據(jù)庫(kù)注釋 5.2 碳水化合物相關(guān)酶（CAZy）數(shù)據(jù)庫(kù)注釋 5.3 病原與宿主互作（PHI）數(shù)據(jù)庫(kù)注釋 5.4 致病菌毒力因子（VFDB）數(shù)據(jù)庫(kù)注釋 5.5 膜轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白分類（TCDB）數(shù)據(jù)庫(kù)注釋 5.6 限制性修飾系統(tǒng)分析 5.7 分泌蛋白注釋 5.8 III型分泌系統(tǒng)效應(yīng)蛋白注釋 5.9 蛋白跨膜結(jié)構(gòu)注釋 6. 堿基修飾位點(diǎn)檢測(cè) 7. 細(xì)菌基因組圈圖

備注：該產(chǎn)品也可以做比較基因組分析

? 真菌基因組de novo測(cè)序 查看詳細(xì)

真菌全基因組從頭測(cè)序（Fungi Whole Genome de novo Sequencing）是對(duì)基因組序列未知或無(wú)近緣物種基因組信息的某個(gè)物種，構(gòu)建不同插入片段的基因組DNA文庫(kù)并對(duì)文庫(kù)進(jìn)行序列測(cè)定，然后利用生物信息學(xué)方法進(jìn)行拼接、組裝和注釋，從而獲得該真菌的全基因組序列圖譜。

服務(wù)名稱	技術(shù)路線	分析內(nèi)容
真菌初級(jí)組裝	? DNA提取與檢測(cè) ? 文庫(kù)構(gòu)建及檢測(cè) ? 上機(jī)測(cè)序 ? 生信分析	1. 數(shù)據(jù)質(zhì)控與統(tǒng)計(jì) 2. 組裝 3. 基因組組分分析 4. 基因功能分析
真菌高級(jí)組裝	? DNA大片段提取與檢測(cè) ? 二代和三代文庫(kù)構(gòu)建 ? 上機(jī)測(cè)序 ? 生信分析	1. 數(shù)據(jù)質(zhì)控與統(tǒng)計(jì) 2. 組裝 3. 基因組組分分析 4. 基因功能分析

? 微生物重測(cè)序 查看詳細(xì)

微生物重測(cè)序是基于高通量測(cè)序數(shù)據(jù)，與近緣參考基因組進(jìn)行比對(duì)，進(jìn)行變異檢測(cè)的方法。通過(guò)重測(cè)序可以獲得目標(biāo)基因?qū)τ趨⒖蓟蚪M的SNP和Indel等一系列變異信息，從中嘗試對(duì)基因組之間的性狀差異進(jìn)行解析，或作為標(biāo)記進(jìn)行大規(guī)模的進(jìn)化分析。

分析內(nèi)容
1. 數(shù)據(jù)質(zhì)控與統(tǒng)計(jì) 2. 基因組組裝 3. 基因組組分分析 3.1 編碼基因預(yù)測(cè) 3.2 重復(fù)序列 3.3 tRNA/rRNA查找 3.4 前噬菌體	4. 比較分析 4.1 SNP統(tǒng)計(jì)與注釋 4.2 Indel統(tǒng)計(jì)與注釋 4.3 物種進(jìn)化分析 4.4 共有和特有基因分析 4.5 基因家族分析 4.6 全基因組共線性分析